Suda Ölüm’de Oe, alter egosu olarak bilinen yazar Kogito Choko’yu memleketine, Shikoku Adası’nda ormanla kaplı vadinin içindeki köyüne gönderir. Choko, bu kaybı tam anlamıyla sindirebilmek için babasının gizemli boğulma öyküsünü kurgulamayı gençliğinden beri planlamıştır. Uzun süre babasının fırtınalı bir gecede neden tekneyle nehre açıldığını bulmaya çalışır. Babasının ve bir grup isyancı askerin Japon imparatoruna intihar saldırısı düzenleme planını tartıştıklarına kulak misafiri olduğunu hatırlasa da Choko, anılarını hayal gücünden ayıramaz ve umutsuzluk içinde romanı yazmayı yarıda bırakır. İlk romanlarını sahneye koyacak bir tiyatro grubuyla işbirliği yaptığında içindeki yazma arzusu yeniden canlanır. Bu arada gizemli bir kırmızı deri bavuldaki belgeleri kullanarak babasının hikâyesini anlamayı ve romanını tamamlamayı ister. Ancak işler istediği gibi gitmez. Miras ve ölümlülüğün çalkantılı derinliklerine dalan Suda Ölüm, ulusal ve kişisel travmaları yeniden gün yüzüne çıkarmasının